Europos Komisijos (EK) duomenimis, šiuo metu Lietuvai išmokėta 95 proc. 2007–2013 m. laikotarpio ES fondų lėšų – tai maksimali suma, kuri pagal ES reglamentus gali būti išmokėta šaliai iki programavimo laikotarpio pabaigos. Likusi 5 proc. ES lėšų suma Lietuvai galės būti pervesta tik atsiskaičius už veiksmų programų įgyvendinimą. Dokumentai, kuriais remiantis bus galutinai atsiskaitoma už 2007–2013 m. ES lėšų panaudojimą, EK turi būti pateikti iki 2017 metų kovo pabaigos.
Visų valdymo ir kontrolės sistemoje dalyvaujančių institucijų bendradarbiavimo pagrindu parengtose galutinėse ataskaitose apžvelgiamas veiksmų programų įgyvendinimas atsižvelgiant į pagrindinius finansinių ir fizinių rodiklių pasiekimus, įgyvendinimo aplinkybių pokyčius, taip pat analizuojama pasiektų rezultatų nauda visuomenės poreikiams bei šalies ūkio plėtrai.
Įgyvendinant veiksmų programas, padaryta didelė pažanga visose socialinės ir ekonominės plėtros srityse. Vykdant projektus, finansuojamus 2007-2013 m. ES investicijomis 245 tūkst. žmonių dalyvavo įdarbinimo programose, 2,4 tūkst. įmonių panaudojo lėšas inovatyviai plėtrai, 11 tūkst. smulkaus ir vidutinio verslo subjektų pasinaudojo investicijomis verslo plėtrai, be to buvo atnaujinta ir modernizuota daugiau kaip 700 švietimo, beveik 350 sveikatos priežiūros įstaigų, nutiesta 1,7 tūkst. kilometrų naujų ir rekonstruota esamų kelių.
Remiantis atliktų vertinimų duomenimis, kiekvienas investuotas ES struktūrinių fondų euras iki 2016 m. jau atnešė 1,38 eurų grąžos, o atliktos investicijos 2015 m. lėmė 2 proc. didesnį darbo našumą ir 1 proc. didesnį eksportą. ES fondų investicijos teigiamą poveikį turėjo ir užimtumo lygiui – 2015 m. tarp 15-64 metų gyventojų jis buvo 1,4 proc. didesnis nei būtų buvęs be ES investicijų.
Lietuvos gyventojų apklausos duomenys rodo, kad žmonės taip pat pastebi pokyčius. Beveik 90 proc. gyventojų teigia, kad ES investicijos prisideda prie jų gyvenimo kokybės gerinimo, o 8 iš 10 apklaustųjų teigia asmeniškai pajutę ES investicijų naudą, t.y. pastebėjo ar naudojosi sutvarkytais keliais, suremontuota mokykla, atnaujinta gydymo įstaiga; gyvena renovuotuose daugiabučiuose, dalyvauja ES mokymuose ir pan.
Iš viso 2007-2013 m. ES struktūrinių fondų lėšomis Lietuvoje įgyvendinta virš 8300 projektų. Jų bendra vertė – daugiau nei 8 mlrd. eurų, o projektų vykdytojams išmokėtų ES lėšų dalis siekia daugiau kaip 6,7 mlrd. eurų.