Projekto 09.3.3-LMT-K-712-02-0067 "Erdvinės pavienių ląstelių RNR sekoskaitos metodikos sukūrimas" įgyvendinimo metu sukurta produkcija
| Vykdytojas | Vilniaus universitetas |
| Produkto sritis | Švietimas ir mokslas |
| Produkto rūšys | Tyrimai, studijos |
Projekto tikslas buvo sukurti metodiką, kuri leistų sujungti mikroskopijos ir pavienių ląstelių RNR sekoskaitos metu gaunamus duomenis. Ši metodika leistų suderinti informaciją apie erdvinį ląstelių pasiskirstymą audinyje su informacija gaunama iš pavienių ląstelių sekoskaitos apie tūkstančių genų raišką, bei ląstelėse vykstančius biologinius procesus. Tam kad būtų sukurta ir patikrinta metodika, vykdyti in vitro auginamų organoidų tyrimai, per kuriuos buo vienu metu atliekami mikroskopijos (imunohistochemijos arba in situ hibridizacijos), bei RNR sekoskaitos experimentai, pasitelkiant esamą mikroskysčių, bei sekoskaitos (Oxford Nanopore) metodologija. Naudojantis duomenimis iš skirtingų šaltinių buvo kuriami bioinformatiniai duomenų liejimo algoritmai (angl. data fusion), bei informacijos atvaizdavimo būdai.
Projekto įgyvendinimo metu pasiekti tyrimų rezultatai skelbiami mokslinėje produkcijoje.
Mokslo straipsniai:
- K. Leonavičius, J. Nainys, D. Kučiauskas, L. Mažutis. Multi-omics at single-cell resolution: comparison of experimental and data fusion approaches. (Current Opinion in Biotechnology. Volume 55, February 2019, Pages 159-166.)
- K. Leonavičius, C. Royer, C. Preece, B. Davies, J. S. Biggins, S. Srinivas. Mechanics of mouse blastocyst hatching revealed by a hydrogel-based microdeformation assay. (PNAS. October 9, 2018 115 (41) 10375-10380; first published September 19, 2018.).
Moksliniai pranešimai:
- K. Leonavičius, L. Mažutis. Microscopy image synthesis from scRNAseq datasets.