Finansavimas

Bakterinės mažosios reguliatorinės RNR, sRNR, yra 50-500 nt ilgio molekulės, reguliuojančios genų raišką potranskripciniame lygmenyje. Sąveikaudamos su informacinėmis RNR, iRNR, sRNR slopina arba aktyvuoja iRNR transliaciją, moduliuoja iRNR stabilumą, taip reguliuodamos bakterijų prisitaikymą prie besikeičiančių aplinkos sąlygų. Pačių sRNR stabilumas priklauso nuo jų 5' galo modifikacijų, pavyzdžiui neseniai atrasto prie sRNR 5' galo prijungiamo nikotinamido adenino dinukleotido (NAD), apsaugančio sRNR nuo RNazių poveikio. Nors dabar 5'-NAD-RNR jau yra identifikuotos ir eukariotuose, tiek šios modifikacijos, tiek ir 5'-NAD uždedančių bei nuimančių baltymų funkcijos bei jų pačių reguliacijos mechanizmai dar nėra detaliai ištirti. Pavyzdžiui, nors katalizinis Escherichia coli 5'-NAD-RNR hidrolizuojančio baltymo – Nudix superšeimos hidrolazės NudC – mechanizmas šiuo metu yra pakankamai gerai suprastas, tačiau vis dar nėra aišku, kaip E. coli bakterijose reguliuojama paties NudC raiška. Šio projekto tikslas – atlikti E. coli NudC raišką potencialiai reguliuojančių bakterinių mažųjų RNR paiešką ir tyrimą. Tikslui pasiekti pirmiausia bus atlikta visų iki šiol patvirtintų E. coli sRNR sąveikų su nudC iRNR bioinformatinė analizė. Stipriausia sąveika pasižymėjusios sRNR toliau bus tiriamos, siekiant nustatyti, ar ir kaip jos reguliuoja NudC raišką. Transformavę E. coli bakterijas pasirinktos sRNR seką turinčiu vektoriumi, įvertinsime padidintos sRNR raiškos poveikį nudC transkriptų bei baltymo kiekiui. Nustatyta pakitusi NudC transkripto ar baltymo raiška patvirtintų, jog tiriama sRNR dalyvauja potranskripciniame NudC raiškos reguliavime. Projekto metu gauti rezultatai padės pagrindą tolimesniems NudC baltymo raiškos reguliacinių mechanizmų tyrimams. Taip pat šiuo projektu bus prisidėta prie plataus profilio specialistės parengimo, kurios žinios ir patirtis bus naudingi ir ateityje, sėkmingai vykdant Lietuvai ir ES svarbius projektus.