Finansavimas

Neinvazinės ir nepatogeniškos pienarūgštės bakterijos (LAB – angl. lactic acid bacteria) nuo seno turi didelę technologinę reikšmę maisto pramonėje. Lactobacillus casei – natūralios žinduolių, tarp jų ir žmogaus, žarnyno mikrofloros dalis, plačiai naudojamos kaip komerciniai probiotikai yra vienos geriausiai žinomų LAB pavyzdžių. Efektyviam šių bakterijų taikymui svarbu ištirti, kaip L. casei prisitaiko prie kintančių aplinkos sąlygų. Sprendžiant šias problemas yra būtinas geras sudėtingos bakterijų sienelės struktūros-funkcijos ryšio supratimas ir nepakankamai ištirtų mechanizmų, užtikrinančių sienelės atsparumą antibiotikų poveikiui, nustatymas. Šiuo metu žinios apie LAB sienelės formavimosi mechanizmus ir atsparumo antibiotikams atsiradimą apsiriboja baltymų vaidmens analize, tačiau 40–500 nt ilgio genų raiškos reguliatorių – bakterinių mažųjų nekoduojančių RNR (sRNR, angl. small RNA) – vaidmuo šiame procese beveik netirtas. Šio projekto tikslas – nustatyti probiotinių gram-teigiamų bakterijų Lactobacillus casei BL23 mažųjų nekoduojančių RNR, reguliuojančių atsaką į antibiotikus, veikiančius bakterijos ląstelės sienelę, potencialius taikinius ir sąveikos su taikiniu sritis. Tikslui įgyvendinti bioinformatiniais metodais bus nustatomi potencialūs atsparumą antibiotikams keičiančių sRNR taikiniai ir sRNR sąveikos su taikiniu sritys. Mutavus surastas sekas, svarbias sRNR-iRNR sąveikai, sRNR bus klonuojamos į L. casei bakterijose pasilaikantį vektorių. Sukėlus mutantinės sRNR perraišką, bus tiriama, kaip pakinta bakterijų atsakas į antibiotikų sukeltą stresą. Pastebėjus priešingą poveikį nei laukinio tipo sRNR perraiškos atveju, bus pavirtinta sąveikos su taikiniu sritis. Projekto metu sukauptos žinios bus naudingos pastaraisiais dešimtmečiais aktualios patogenų atsparumo problemos sprendimui.