Finansavimas

SARS-CoV-2 atsirado Uhane (Kinija) 2019 m. gruodį, paplito visame pasaulyje, nusinešė 3 milijonus gyvybių bei sukėlė didžiulius ekonominius nuostolius. Greita farmacijos kompanijų reakcija lėmė vakcinų nuo SARS-CoV-2 sukūrimą. Neseniai Didžiojoje Britanijoje, Pietų Afrikoje ir Brazilijoje atsirado naujų grėsmę keliančių SARS-CoV-2 variantų (variants of concern (VOCs)). Šie SARS-CoV-2 variantai yra pavojingi, nes “spyglio" genas turi mutacijas, dėl kurių dabartinių vakcinų veiksmingumas yra mažesnis. Be to, britiškas VOC plinta greičiau ir 50% padidina absoliučią mirties nuo COVID19 riziką. Ankstyvas VOC nustatymas leidžia greitai reaguoti ir taip sumažinti ligos išplitimo riziką. Šiuo metu dažniausiai naudojami VOC nustatymo metodai yra genomo sekoskaita ir atvirkštinės transkriptazės kiekybinė PGR. Šie metodai yra brangūs, lėti, reikalauja aukštos kvalifikacijos personalo ir brangios įrangos. Siekiant paspartinti ir supaprastinti SARS-CoV-2 nustatymo procesą, buvo pradėti kurti viruso sekų detekcijos metodai, pagrįsti CRISPR-Cas 2 klasės efektorinių baltymų savybėmis (class 2 effector proteins (C2EPs; šiuo atveju Cas9, Cas12 ir Cas13)). Jie siūlo žymiai pigesnius ir greitesnius SARS-CoV-2 diagnostikos būdus. Tačiau CRISPR-Cas nukleazės turi atitikti tam tikrus kriterijus - mutacija turėtų būti griežtai apibrėžtoje sekoje, vadinamoje PAM (protospacer adjacent motif) arba šalia jos. Todėl pagrindinė kliūtis plačiam C2EP pritaikymui aptikti VOC ir stebėti jų plitimą, yra ribota sekų, kuriose galima aptikti mutacijas, imtis. Šiuo metu identifikuoti ir ištirti Cas9 ir Cas12 baltymai gali atpažinti tik siaurą PAM sekų spektrą, todėl mūsų projekto tikslas - išplėsti CRISPR įrankių rinkinį, pritaikyti jį greitai SARS-CoV-2 VOC detekcijai ir variantų plitimo stebėjimui. Identifikuoti ir atrinkti C2EP baltymams mes pasitelksime pažangiausius sekų paieškos metodus bei mašininį mokymąsi. Atrinktus baltymus mūsų partneris, „CasZyme", tirs eksperimentiškai.