Finansavimas

Bakteriofagai (fagai) yra bakterijas infekuojantys virusai, kurie dažniausiai yra labai atrankūs ir atpažįsta tik labai siaurą ląstelių-šeimininkių spektrą. Fagų atrankumas gali pasireikšti skirtingose infekcijos stadijose, tačiau visų pirma atrankumą nulemia ląstelės-šeimininkės receptorių atpažinimo ir adsorbcijos etapas. Receptoriais gali tarnauti įvairios ląstelės paviršiaus struktūros, kurias atpažįsta specialūs fagų baltymai. Uodeguotųjų fagų atvejais už bakterinių receptorių atpažinimą dažniausiai būna atsakingi uodegėlių fibrilių baltymai. Šio darbo tikslas yra nustatyti už skirtingų bakterinių receptorių atpažinimą atsakingus Felixo1virus genties fagų baltymus. Šiam tikslui bus siekiama sukonstruoti skirtingus Esherichia coli kamienus infekuojančių Felixo1virus vB_EcoM_Alf5 (Alf5) ir vB_EcoM_VpaE1 (VpaE1) fagų potencialių uodegėlės fibrilių rekombinantinius baltymus ir patikrinti jų gebėjimą surišti atitinkamas bakterijas-šeimininkes. Darbo metu į plazmidinius raiškos vektorius bus klonuojami Alf5 ir VpaE1 fagų spėjami uodegėlės fibrilių genai Alf5_g073, Alf5_g074, VpaE1_g074, ir VpaE1_g075, suliejant juos su histidinų inkarą baltymo N-gale koduojančia seka. Optimizuojant klonuotų genų raišką bus siekiama gauti kuo daugiau tirpių rekombinantinių baltymų, kurie bus imobilizuojami magnetinių dalelių paviršiuje. Transformavus fagų atitinkamas E. coli ląsteles-šeimininkes plazmide su klonuotu ir pasireiškiančiu žaliojo fluorescuojančio baltymo (GFP) genu, konfokaliniu mikroskopu bus stebima, ar tiriamais rekombinantiniais baltymais padengtos magnetinės dalelės suriša fluorescuojančias E. coli ląsteles. Tyrimams bus naudojami E. coli laboratoriniai B ir K-12 kamienai bei pavienių genų deleciniai Keio kolekcijos mutantai. Per tyrimams skirtą laiką studentas turėtų įsisavinti reikiamas metodikas, o sukurta sistema būtų tinkama dar detalesniems fagų ir jų atpažįstamų bakterinių receptorių sąveikų in vitro tyrimams.