Finansavimas

Bakterinės mažosios nekoduojančios RNR, sRNR, – tai 50 – 500 nt ilgio molekulės, kurios sąveikaudamos su iRNR reguliuoja jų stabilumą bei transliaciją. Skatindamos ar slopindamos genų raišką sRNR dalyvauja bakterijoms prisitaikant prie pakitusių aplinkos sąlygų, pavyzdžiui pH pokyčių. Reguliacines sRNR funkcijas potencialiai praplečia ir neseniai atrasta RNR 5‘ galo modifikacija – nikotinamido adenino dinukleotido (NAD+) kepurė. Norint geriau suprasti šios, pastaraisiais metais ne tik prokariotuose, bet ir eukariotuose identifikuotos, modifikacijos reikšmę, itin svarbu ištirti su 5‘-NAD-sRNR sąveikaujančius baltymus. Nudix hidrolazė NudC vienintelis žinomas baltymas hidrolizuojantis 5’-NAD-sRNR Escherichia coli bakterijose. Visgi, kaip yra užtikrinamas jo funkcionalumas, nėra aišku. Kadangi NudC hidrolazė neturi RNR prisijungimo motyvo, tikėtina, jog jos vykdomai reakcijai reikalingi papildomi baltymai. Remiantis laboratorijoje gautais pirminiais tyrimų duomenimis buvo iškelta hipotezė, jog NudC iš tiesų galėtų funkcionuoti ne pavieniui, o sudarydama kompleksą su bent vienu papildomu baltymu. Projekto metu bus siekiama įvertinti E. coli Nudix hidrolazės NudC ir su ja sąveikaujančio baltymo įtaką bakterijų fiziologijai ir 5‘ NAD+ modifikaciją turinčių bei nemodifikuotų RNR kiekiui. Tikslui pasiekti pirmiausia bus nustatyta, kokią įtaką E. coli augimo greičiui ir pasiekiamam ląstelių tankiui turi NudC, su ja sąveikaujančio baltymo ir abiejų jų trūkumas bakterijas auginant įprastomis ir streso sąlygomis. Taip pat bus įvertintas pasirinktų NAD+ modifikaciją turinčių sRNR modifikavimo lygis bei bendras jų kiekis tiriamuose kamienuose. Identifikavus NudC, su ja sąveikaujančio baltymo ar abiejų jų reguliuojamas sRNR, bus nustatyti ir jų moduliuojamų iRNR pokyčiai. Projekto metu gauti rezultatai padės geriau suprasti ne tik NudC ir su ja sąveikaujančio baltymo, bet ir abiejų baltymų sudaromo komplekso funkcijas E. coli bakterijose ir jų poveikį 5‘-NAD-RNR.