Finansavimas

Bakterinės mažosios nekoduojančios RNR – tai apie 50-500 nt ilgio molekulės, koduojamos savų genų, išsidėsčiusių tarpgeniniuose regionuose ar susidarančios iš informacinės RNR 5‘ ar 3‘ galų. Šios molekulės funkcionuoja sąveikaudamos su RNR ar baltymų taikiniais bei dalyvauja reguliuojant genų raišką bakterijai prisitaikant prie pakitusių aplinkos sąlygų, pavyzdžiui temperatūros ar pH pokyčių. Visgi šiandien prokariotuose dar nėra iki galo žinomas detalus sRNR veikimo mechanizmas bei veiksniai stabilizuojantys ar skatinantys šios molekulės degradaciją. Eukariotuose yra parodyta, kad 5‘ galo modifikacija, pavyzdžiui 7-metilguanozino kepurė, apsaugo molekules nuo degradacijos, skatina jų brendimą bei transliaciją, o 3‘ galo metilinimas – stabilizuoja tokias mažąsias RNR kaip miRNR, siRNR ar piRNR. Nuo 2009 metų pasirodo vis daugiau straipsnių rodančių, jog prokariotinių RNR 5‘ galas taip pat gali būti modifikuotas unikalia struktūra – NAD+. Pagrindinė žinoma šios modifikacijos funkcija yra panaši į eukariotų 7-metilguanozino kepurės – RNR apsauga nuo degradacijos. Escherichia coli bakterijos Nudix hidrolazė NudC šiuo metu yra vienintelis žinomas baltymas prokariotuose hidrolizuojantis 5‘-NAD-RNR iki monofosfatinės jų formos. Visgi nėra aišku ar ir kaip yra reguliuojamas Nudix hidrolazės aktyvumas. Tikėtina, kad NudC galėtų ne tiks sąveikauti, bet ir funkcionuoti kartu su ankstesnių darbų metu identifikuotais baltymais. Taigi, tyrimo tikslas – vykdyti detalius gram-neigiamų bakterijų E. coli Nudix hidrolazės NudC sudaromo tarpbaltyminio komplekso tyrimus ir nustatyti jo įtaką NAD+ modifikaciją turinčioms bei nemodifikuotoms bakterinėms mažosioms nekoduojančioms RNR, sRNR. Tikslui pasiekti bus pasitelkta bakterijų adenilato ciklazės dviejų hibridų sistema, kuri leis in vivo nustatyti tarpbaltyminės sąveikos susidarymui būtinas baltymų sritis. Modifikuotas Northern hibridizacijos metodas įgalins nuo sąveikaujančių baltymų priklausomų sRNR raiškos pokyčių tyrimus.