Finansavimas

Bakterinės mažosios nekoduojančios RNR, sRNR – tai 50 – 500 nt ilgio molekulės, kurios sąveikaudamos su iRNR reguliuoja jų stabilumą bei transliaciją. Aktyvuodamos arba slopindamos genų raišką, sRNR dalyvauja bakterijoms prisitaikant prie stresinių aplinkos sąlygų ar net atlieka „namų ūkio“ funkcijas. Tikėtina, jog viena tokių galėtų būti ir neseniai probiotinėse Lactococcus lactis bakterijose identifikuota sLLM1238+ mažoji nekoduojanti RNR. Parodyta, kad šios sRNR raiška pakinta po poveikio lizocimu ir penicilinu G, bakterijoms badaujant, patiriant karščio ir šalčio stresą, o padidinta jos raiška ląstelėms yra tiesiog toksiška, kas apsunkina detalesnius sLLM1238+ moduliuojamų procesų tyrimus. Šio projekto metu bus siekiama identifikuoti Lactococcus lactis mažosios nekoduojančiosios RNR sLLM1238+ reguliuojamus iRNR taikinius. Tikslui pasiekti pirmiausia bus identifikuotas L. lactis kamienas, turintis mutaciją, kuri kompensuoja toksišką padidintos sLLM1238+ raiškos poveikį. Remiantis palyginamosios sekoskaitos duomenimis, bus nustatyti potencialiai sLLM1238+ reguliuojami iRNR transkriptai, kurių pokyčiai kontrolinėse ir padidintą sRNR raišką vykdančiose bakterijose bus patvirtinti AT RL-kPGR ar Northern hibridizacijos metodais. Siekiant nustatyti, kurios sLLM1238+ sritys potencialiai sąveikauja su rastais iRNR taikiniais, bus atlikta sLLM1238+ mutagenezė. Projekto metu gauti rezultatai padės geriau suprasti sLLM1238+ nekoduojančios sRNR svarbą probiotinių L. lactis bakterijų atsakui į antibiotikų – lizocimo ir penicilino G – sukeliamą stresą bei šios sRNR potencialiai atliekamas „namų ūkio“ funkcijas.