Finansavimas

Baltymo struktūros numatymas pagal jo seką yra vienas svarbiausių uždavinių bioinformatikoje, kurio sėkmingas sprendimas paliestų beveik visas biomedicinos sritis. Šiuo metu patikimiausias būdas numatyti struktūrą – tai modeliavimas pagal homologiją, išvestą remiantis sekų šeimomis. Projekto tikslas – stiprinti baltymų homologijų nustatymo jautrumą ir sukurti patogias ir greitai veikiančias priemones, leidžiančias tyrėjams realiu laiku atlikti baltymų homologijų paieškas, evoliucijos tyrimus ir modeliavimą. Siekiant šio tikslo, planuojama sukurti bendrą sekų šeimų sugretinimų įverčių statistinio reikšmingumo vertinimo metodologiją, leisiančią žymiai padidinti COMER metodo (Margelevičius, Bioinformatics 32, 2016) jautrumą ir sekų šeimų sugretinimų tikslumą. COMER metodo našumui didinti, planuojama sukurti savarankišką COMER programinės įrangos versiją, skaičiavimus vykdančią remiantis CUDA lygiagrečių skaičiavimų architektūra. Metodo naudojimosi galimybėms plėsti, planuojama sukurti interneto paslaugų sistemą, skirtą realiu laiku vykdyti COMER homologijų paieškoms, rezultatų analizei ir baltymų modeliavimams pagal gautus sekų šeimų sugretinimus. Tikimasi, kad žymiai pagerinta visais atžvilgiais COMER metodo realizacija taps svarbia priemone tiek didelio masto duomenų analizėje, tiek atskirų baltymų evoliucinėje ir struktūrinėje analizėje realaus laiko aplinkoje, prisidedančia prie gilesnio biologinių procesų supratimo.